WikiProteins: um site público para a anotação de proteínas

9:09 am Biologia, Biotecnologia, Data Mining

Está no ar o WikiProteins beta, que é parte de uma iniciativa iniciada anteriormente, o WikiProfessional. A idéia é a mesma do WikiPedia porém voltada para a anotação de proteínas.

A anotação é um processo de caracterização de proteínas, principalmente de sua função. Existem biólogos em constante processo de anotação de proteínas e genes. Esse processo pode se dar em intervalos curtos de tempo, como em projetos genomas, onde diversos novos genes são descobertos e precisam ser anotados. Ou como em projetos de longo prazo, como a anotação de todo o UniProt, por exemplo.

Em ambos os casos todos os tipos de informações sobre genes e proteínas tentam ser coletados, assim como dados de função, localização, informações estruturais, artigos científicos relacionados, etc. O WikiProteins provê exatamente esse tipo de informação de maneira editável por qualquer um.

É claro que foi necessário um esforço computacional inicial pesado pra reunir diversas informações de proteínas e genes em um único pool inicial pra servir de startup pro wiki. E os dados foram minerados de fontes bem confiáveis, como o PubMed, UniProt e BioMed Central.

Os autores fizeram uso de metodologias de text mining/data mining que demandaram a criação de um componente de software, denominado Knowlet. Os Knowlets, segundo os autores, “combinam múltiplos atributos e valores para os relacionamentos entre conceitos” (tradução minha). Mais sobre isso no paper da Genome Biology.

Só pra constar, eu andei testando o WikiProteins com uns genes que o Lúcio me passou ;-) Esses genes parecem ser relacionados com nefropatia em pacientes diabéticos. Mais especificamente o gene PCSK1, que é uma proteína neuroendócrina. O WikiProteins me retornou uma série de informações relevantes e minha impressão é que o site promete.

Infelizmente ele não me retornou exatamente o que eu queria saber - e isso eu obtive com o bom e velho Gene Cards :

…susceptibility gene for non insulin dependent diabetes (type II) and…”

Bom, acho que agora é hora de promover o site e editar o Wiki… ;-)

PS: Ah, esse post foi de dica de um amigo, o Durfan