Systems biology – com ‘b’ minúsculo

9:41 am Biologia, Biotecnologia

Apesar da modelagem e simulações de sistemas ser uma prática bastante antiga, o grande aumento de dados e informações sobre sistemas biológicos, especialmente na última década, fez surgir um ‘ramo’ da bioinformática denominado Systems Biology.

Trabalhar com systems biology significa criar modelos e simulações que tentam descrever o funcionamento de moléculas, reações bioquímicas e até sistemas celulares inteiros!

Um dos grandes problemas atualmente na system biology é na modificação e reuso de modelos pré-existentes. Parece que os modelos já criados são muito específicos e de difícil entendimento para quem não participou na sua criação. Na tentativa de sanar tal problema, surgiu a SBML, ou Systems Biology Markup Language, que é um formato comum de troca de dados, que usa XML.

A little b, o assunto do post de hoje, é, diferentemente da SBML, uma linguagem de programação open source desenvolvida no intuito de se criar modelos matemáticos de fácil troca e reúso. Criado na Bauer Center for Genomics Research, little b foi desenvolvida em LISP. A escolha da linguagem foi explicada assim: LISP parece conseguir tratar de problemas de grande complexidade com mais facilidade que outras linguagens.

Mais especificamente, LISP parece abstrair a complexidade biologica mais facilmente em linhas de código de fácil entendimento – acho que os computeiros podem explicar melhor , tem algo a ver com o sistema de macros :-)

Para exemplificar melhor, vai abaixo um exemplo interessante de código little b, que pode ser acessado em um curso-rápido disponibilizado: a isomeração de Glucose 6P (G6P) em Frutose 6P (F6P), reação reversível e parte da via glicolítica, catalizada pela enzima Glucose 6P Isomerase (G6PI) – os bioquímicos vão adorar ;-)

G6P + G6PI <-> G6PI + F6P

Para saber mais sobre little b, acessem diretamente o paper publicado ou então a home page. E boa modelagem a todos!

PS: enquanto isso estou esperando uma resposta do Aneil Mallavarapu, um dos autores da linguagem, pra saber por que a linguagem se chama little b :-)

1 Resposta
  1. Tiago Albineli Motta :

    Date: agosto 25, 2008 @ 10:11 am

    Muito interessante