Na Biologia, a moda agora é criar um Wiki

10:04 am Biologia, Biotecnologia, Data Mining

Há um mês atrás eu postei sobre o WikiProteins, que é um Wiki biológico destinado à anotação de proteínas.

Mais recentemente, no início desse mês, a PloS Biology publicou um artigo sobre o Wiki Genes. O Wiki Genes é algo bastante parecido como o WikiProteins, mas voltado para prover informação sobre genes. E é voltado para ser implementado na própria WikiPedia!

A idéia dos caras foi a de colocar uma entrada na WikiPedia pra cada gene humano (e ainda pra alguns organismos modelo como o camundongo). A premissa foi a de que editores de Wikis preferem editar entradas já existentes do que criar novas. Dessa forma, a geração desses stubs (entradas no Wiki com pequenas coleções de informações) deverá alavancar a edição de genes humanos na WikiPedia.

O que eles fizeram foi parsear as entradas de todos os genes presentes no Entrez Gene e gerar cerca de 7500 stubs. Melhor do que as meras 650 entradas que existiam anteriormente. ;-) Aparentemente o resto das entradas ainda está sendo gerado – o Entrez Gene contém informação de 39950 genes humanos – não que esse seja o número total de genes humanos, mas essa é outra história. ;-)

O parser, que foi feito em Java, produz um stub diretamente em “wiki-text” e o código-fonte está disponível.

Também na PLoS saiu bem recentemente um outro artigo sobre um Wiki na área de biologia, dessa vez o Wiki Pathways. Os pathways, na biologia, são uma representação de uma miríade de interações, reações e regulações, seja entre genes, proteínas ou compostos biológicos. Por serem extremamente complexos e difíceis de curar e compilar, a estratégia foi também a de gerar um Wiki.

Aparentemente, com essa enxurrada de dados biológicos sendo gerados à todo vapor (vide as “ômicas” da vida – genômicas, proteômicas,metabolômicas, etc.), a corrente agora é para a integração desses dados, em ferramentas que permitem updates rápidos e fáceis.

E pelo visto, esses novos Wikis são o tipo de ferramenta que vêm a calhar nesse momento, pois tornam os dados acessíveis e editáveis aos curadores especialistas bem como para a comunidade em geral.

Vamos ver se a moda pega.