WikiProteins: um site público para a anotação de proteínas

Está no ar o WikiProteins beta, que é parte de uma iniciativa iniciada anteriormente, o WikiProfessional. A idéia é a mesma do WikiPedia porém voltada para a anotação de proteínas.

A anotação é um processo de caracterização de proteínas, principalmente de sua função. Existem biólogos em constante processo de anotação de proteínas e genes. Esse processo pode se dar em intervalos curtos de tempo, como em projetos genomas, onde diversos novos genes são descobertos e precisam ser anotados. Ou como em projetos de longo prazo, como a anotação de todo o UniProt, por exemplo.

Em ambos os casos todos os tipos de informações sobre genes e proteínas tentam ser coletados, assim como dados de função, localização, informações estruturais, artigos científicos relacionados, etc. O WikiProteins provê exatamente esse tipo de informação de maneira editável por qualquer um.

É claro que foi necessário um esforço computacional inicial pesado pra reunir diversas informações de proteínas e genes em um único pool inicial pra servir de startup pro wiki. E os dados foram minerados de fontes bem confiáveis, como o PubMed, UniProt e BioMed Central.

Os autores fizeram uso de metodologias de text mining/data mining que demandaram a criação de um componente de software, denominado Knowlet. Os Knowlets, segundo os autores, “combinam múltiplos atributos e valores para os relacionamentos entre conceitos” (tradução minha). Mais sobre isso no paper da Genome Biology.

Só pra constar, eu andei testando o WikiProteins com uns genes que o Lúcio me passou ;-) Esses genes parecem ser relacionados com nefropatia em pacientes diabéticos. Mais especificamente o gene PCSK1, que é uma proteína neuroendócrina. O WikiProteins me retornou uma série de informações relevantes e minha impressão é que o site promete.

Infelizmente ele não me retornou exatamente o que eu queria saber - e isso eu obtive com o bom e velho Gene Cards :

…susceptibility gene for non insulin dependent diabetes (type II) and…”

Bom, acho que agora é hora de promover o site e editar o Wiki… ;-)

PS: Ah, esse post foi de dica de um amigo, o Durfan

Biologia, Biotecnologia, Data Mining 0 Comentários

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Que tal biodiesel e alimentos orgânicos?

Eu sempre gostei de ciência mais aplicada. Por exemplo, voltada pra descoberta de alguma nova droga ou para os efeitos de alguma substância sobre os seres vivos.

Acabo de voltar de um congresso de bioquímica (SBBq), em Águas de Lindóia – SP, e lá deu pra ver um punhado de pôsteres sobre trabalhos científicos bem aplicados. Mas teve um que me chamou a atenção porque tinha uma foto de uma avenida de São Paulo, cheia de carros e bastante poluída, como as fotos abaixo ;-)

Bom o pôster tratava dos efeitos do phenantrene ( um hidrocarboneto poliaromático que é um dos produtos da combustão do diesel) em neutrófilos humanos (células do sistema imunológico). A conclusão era de que a exposição ao phenantrene atuava inibindo a mobilidade e aumentando a mortalidade dessas células – ou seja, imunossupressão.

Uma nota interessante da autora do pôster foi a de que o phenantrene é expelido em grandes quantidades pela combustão do diesel, aparentemente em forma de pó. Ou seja, se moramos em grandes cidades, estaremos incondicionalmente expostos a grandes quantidades dessa substância. Não dá pra saber como seria o efeito do phenantrene se inspirarmos ou se nossa pele ficar coberta por ele, durante longos intervalos de tempo, pois não existem estudos sobre isso. Mas dá pra ter uma idéia do que acontece no sistema imunológico.

E aí eu me lembrei de uma nota técnica publicada recentemente pela Anvisa, sobre a quantidade de agrotóxicos proibidos para uso em alimentos no Brasil. A tabela é de dar medo, porque diz que 44% dos tomates e 40% dos alfaces testados possuíam agrotóxicos proibidos para uso ou em quantidades acima do permitido.

Paranóia ou não ;-) o engraçado é que eu percebi que nos dias subseqüentes à publicação alguns sites de notícias trouxeram artigos com títulos do gênero: “Comer tomates todos os dias faz bem pra pele” ou “Comer tomates combate o câncer de próstata”.

Assim como o phenantrene, e também muito esquisito, se pararmos pra pensar, é que não existem estudos sobre os efeitos da exposição crônica a baixas doses de agrotóxicos em seres humanos, apenas os efeitos agudos – neurotoxicidade e câncer, por exemplo.

E aí fica a pergunta: onde estão os estudos sobre o efeito prolongado da exposição a essas substâncias?

E melhor ainda, por que não adotar o biodiesel (cuja combustão não produz tantos compostos nocivos) e os alimentos orgânicos (que não foram expostos a agrotóxicos)?

Eu sempre gostei de ciência mais aplicada. Por exemplo, voltada pra descoberta de alguma nova droga ou para os efeitos de alguma substância sobre os seres vivos.

Acabo de voltar de um congresso de bioquímica (SBBq), em Águas de Lindóia – SP, e lá deu pra ver um punhado de pôsteres sobre trabalhos científicos bem aplicados. Mas teve um que me chamou a atenção porque tinha uma foto de uma avenida de São Paulo, cheia de carros e bastante poluída, como as fotos abaixo ;-)

Bom o pôster tratava dos efeitos do phenantrene ( um hidrocarboneto poliaromático que é um dos produtos da combustão do diesel) em neutrófilos humanos (células do sistema imunológico). A conclusão era de que a exposição ao phenantrene atuava inibindo a mobilidade e aumentando a mortalidade dessas células – ou seja, imunossupressão.

Uma nota interessante da autora do pôster foi a de que o phenantrene é expelido em grandes quantidades pela combustão do diesel, aparentemente em forma de pó. Ou seja, se moramos em grandes cidades, estaremos incondicionalmente expostos a grandes quantidades dessa substância. Não dá pra saber como seria o efeito do phenantrene se inspirarmos ou se nossa pele ficar coberta por ele, durante longos intervalos de tempo, pois não existem estudos sobre isso. Mas dá pra ter uma idéia do que acontece no sistema imunológico.

E aí eu me lembrei de uma nota técnica publicada recentemente pela Anvisa, sobre a quantidade de agrotóxicos proibidos para uso em alimentos no Brasil. A tabela é de dar medo, porque diz que 44% dos tomates e 40% dos alfaces testados possuíam agrotóxicos proibidos para uso ou em quantidades acima do permitido.

Paranóia ou não ;-) o engraçado é que eu percebi que nos dias subseqüentes à publicação alguns sites de notícias trouxeram artigos com títulos do gênero: “Comer tomates todos os dias faz bem pra pele” ou “Comer tomates combate o câncer de próstata”.

Assim como o phenantrene, e também muito esquisito, se pararmos pra pensar, é que não existem estudos sobre os efeitos da exposição crônica a baixas doses de agrotóxicos em seres humanos, apenas os efeitos agudos – neurotoxicidade e câncer, por exemplo.

E aí fica a pergunta: onde estão os estudos sobre o efeito prolongado da exposição a essas substâncias?

E melhor ainda, por que não adotar o biodiesel (cuja combustão não produz tantos compostos nocivos) e os alimentos orgânicos (que não foram expostos a agrotóxicos)?



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