Fold-it: um jogo online em prol da ciência
Lembram do meu último post sobre dois artigos que descrevem a criação bio-computacional de enzimas artificiais? Pois é, o David Baker, autor daqueles papers, lançou uma nova “moda”. Um jogo online chamado fold-it. O objetivo é competir para criar conformações, ou enovelamentos (ou ainda foldings), mais prováveis pra uma proteína. Quanto melhor for o enovelamento, mais pontos o jogador ganha.
A pergunta que voces devem estar fazendo agora é: o que um cientista renomado quer lançando um jogo online? É claro que não é só pela diversão 
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David Baker há anos vem estudando maneiras de computar o enovelamento de proteínas. O motivo é que o enovelamento, ou conformação final de uma proteína, influencia criticamente em sua função.
E criar uma enzima nova requer descobrir exatamente o folding dessa enzima a partir de sua seqüência de aminoácidos. O problema é que essa não é uma tarefa fácil – calcular o enovelamento de um proteína requer efetuar até trilhões de cálculos.
A idéia do jogo começou com o Rosetta, um algoritmo que usa o método de Monte Carlo para predizer a melhor conformação de uma proteína. Já existe há anos um programa de rede distribuída chamado Rosetta@home, que usa computadores voluntários do mundo inteiro com o objetivo de rodar o Rosetta, enquanto ociosos - um screen saver é aberto e mostra como o programa tenta descobrir o enovelamento de diversas proteínas.
Mas os usuários verificavam que esse programa fazia coisas visivelmente idiotas - o que era meio de se esperar, por ser um algoritmo força bruta. A idéia do David Baker foi de, ao invés de usar uma marreta pra solucionar o problema, usar a capacidade de resolver problemas 3D do cérebro humano, usando um jogo.
E o pior é que funciona – houve situações em que o jogador conseguiu achar corretamente a conformação uma proteína, com forma já conhecida, mais rápido que o computador!
Mas a grande “jogada” do David Baker é fazer com que os jogadores criem conformações novas para proteínas ainda não conhecidas. Essas conformações poderão servir para a síntese de drogas e enzimas ainda não conhecidas, de maneira mais rápida… e divertida
A pergunta que voces devem estar fazendo agora é: o que um cientista renomado quer lançando um jogo online? É claro que não é só pela diversão .
David Baker há anos vem estudando maneiras de computar o enovelamento de proteínas. O motivo é que o enovelamento, ou conformação final de uma proteína, influencia criticamente em sua função.
E criar uma enzima nova requer descobrir exatamente o folding dessa enzima a partir de sua seqüência de aminoácidos. O problema é que essa não é uma tarefa fácil – calcular o enovelamento de um proteína requer efetuar até trilhões de cálculos.
A idéia do jogo começou com o Rosetta, um algoritmo que usa o método de Monte Carlo para predizer a melhor conformação de uma proteína. Já existe há anos um programa de rede distribuída chamado Rosetta@home, que usa computadores voluntários do mundo inteiro com o objetivo de rodar o Rosetta, enquanto ociosos - um screen saver é aberto e mostra como o programa tenta descobrir o enovelamento de diversas proteínas.
Mas os usuários verificavam que esse programa fazia coisas visivelmente idiotas - o que era meio de se esperar, por ser um algoritmo força bruta. A idéia do David Baker foi de, ao invés de usar uma marreta pra solucionar o problema, usar a capacidade de resolver problemas 3D do cérebro humano, usando um jogo.
E o pior é que funciona – houve situações em que o jogador conseguiu achar corretamente a conformação uma proteína, com forma já conhecida, mais rápido que o computador!
Mas a grande “jogada” do David Baker é fazer com que os jogadores criem conformações novas para proteínas ainda não conhecidas. Essas conformações poderão servir para a síntese de drogas e enzimas ainda não conhecidas, de maneira mais rápida… e divertida
--> May 15, 2008 by Maurício Mudado Biotecnologia, Inovação, Usabilidade, Visualização Cientifica 4 Comentários