Estatística e Bioinformática com R

9:23 am Biotecnologia

R é uma linguagem de programação open source que foi criada a partir de outra, chamada S (de statistics).

Um pouco feiosa, é verdade :-) mas incrivelmente útil e poderosa.

Roda em windows, unix, macOS. Tem uma interface gráfica meio feiosa, mas funciona muito bem, gera gráficos bons, tem muitas e muitas bibliotecas e, bem, é gratuito.

Quem já mexeu com MATLAB vai saber bem do que se trata. Uma boa ferramenta para quem lida com estatística, portanto também para físicos, biólogos, economistas e etc.

O tutorial para iniciantes mais palatável que eu encontrei. Em inglês. Sorry. Mas com um pouco de google, você acha fácil o manual e outros livros que ensinam tudo o que você precisa saber sobre R.

Em especial, R é uma ferramenta muito boa para biólogos, porque existe um conjunto de pacotes integrados para uso em biologia chamado BioConductor.

Uma das aplicações que está surgindo, de várias direções diferentes, é disponibilizar R via web, muitas vezes via JAVA. Além das bibliotecas nativas para fazer isso como Rjava, Rserve, RWebServices, existe gente também fazendo a ponte R-Java em aplicações como o impressionante Gene Pattern, o ambicioso Biocep (que deve ser oficialmente lançado em Agosto deste ano, meu favorito) e o mega projeto de integrar um monte de ferramentas sobre um guarda-chuva comum, servido de um grande e generoso grid de processamento, o caBIG, que deve ser a sensação dos próximos 2-3 anos, que de quebra disponibiliza BioConductor via WebServices.

Vale a pena aprender R? Talvez. Surpreendentemente, eu tenho ouvido falar de muita gente aprendendo, da biologia à economia, aqui e lá fora, então acho que mal não faz.


2 Respostas
  1. Michael :

    Date: April 21, 2008 @ 9:30 pm

    Oi Kenji,
    Um outro aspecto interessante da linguagem que vale a pena citar é o fato de existirem bibliotecas que permitem criar interfaces bidirecionais com outras linguagens como por exemplo R/Perl (RSPerl), R/Java (i.e. JRI) e R/Python (Rpy). Desta forma e possivel usar de todos os beneficios de R sem ter que virar um especialista na linguagem.

  2. Cassio Pennachin :

    Date: April 24, 2008 @ 12:23 pm

    Verdade. R é uma linguagem poderosa mas “peculiar” (chata de aprender), então as pontes para outras linguagens são muito úteis.

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